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모든 자료가 한 곳에 통합되어 있으므로 물리적 안전사고(화재, 도난, 파괴 등)가 발생할 때 전체를 잃을 가능성이 있다. 따라서 데이터베이스운영시에는 반드시 복원용 백업파일을 다른 위치에 보관하여하 한다. 그러나 보다 중요한 것은 데이터베이스 자체가 모든 사용자가 쉽게 접근할 수 있도록 운영되기 때문에 불법의 사용자가 자료에 접근할 수도 있다는 점이다. 이러한 불법적 사용을 방지하기 위해 여러가지 보호책을 마련해 놓지만 완전한 대비는 어렵다. 더욱이 개인용 컴퓨터를 통해 데이터베이스에 접근할 수 있는 현재의 환경하에서는 파일의 내용을 손쉽게 불법적으로 변경시킬 수도 있고, 자신의 플로피디스크에 복사한 후 데이터베이스의 관련자료를 지워버릴 위험도 있다. 최근의 컴퓨터 해커, 바이러스 등이 좋은 예이다.
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