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보통 핵분열이 세포질분열보다 먼저 일어난다. 이 핵분열은 대부분의 경우 유사분열이며, 유사분열은 염색체의 분배와 같은 중요한 일을 한다. 체세포분열과 감수분열 양쪽에서 보인다. 체세포분열의 핵분열은 전기 ·중기 ·후기 ·말기로 나누어진다. 분열 결과 만들어진 딸세포들은 모세포와 동일하며, 핵내의 유전물질은 정확하게 복제되어 2개의 딸세포로 나누어져 들어간다. 감수분열은 생식세포를 형성할 때 일어나는 분열로서, 그 결과 염색체의 수가 체세포에 비하여 반으로 감소한다. 그리고 체세포분열의 핵분열에 앞서 이형핵분열인 제1분열이 존재한다.
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