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법으로, SDS를 이용하여 모든 단백질이 동일한 (-)전하를 띄도록 만든 후 질량에 의한 polyacrylamide gel 상에서의 이동속도 차를 이용하여 분리하게 되고, 이 때 sample buffer에 DTT나 mercaptoethanol이 첨가되어 있어 disulfide bond도 끊어지게 되어 단백질은 1차구조를 형성하여 이동하게 되는 것이다.
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