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거쳐 난소에 도달하며, 이 과정에서 시술의 위험도가 높아지고 여러 부작용이 발생할 수 있다. 부작용으로 난소손상이나, 영구불임 등이 나타날 수 있는데 이런 부작용들은 난자를 기증하는 여성의 건강과 안전에 큰 문제를 야기시킬 수 있다. 이 밖에도 배아복제 과정 중에 발생하는 암, 돌연변이, 거대태아증 등 태아의 안전과 직결되는 문제들도 산재해 있다.
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