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Z-DNA로 전환시키는 능력이 있으므로 유전자 기능에 변화를 가져올 수 있다. 대부분 세포내에 있는 양이온 수준에서 서로 전환 가능한 CG 부분은 대부분 B-DNA 구조로 존재하지만, 싸이토신이 메틸화된 후 그 평형상태는 Z 형태쪽으로 기우는데
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Z-DNA와 B-DNA를 보고 관찰한 것이 아니므로 정확히 알 수는 없으나 B-DNA의 모습이 대체로 우리가 알고 있는 DNA의 모습인 데에 비해 Z-DNA는 조금 더 특수한 기능을 갖는 듯 하다. 몇 가지의 Z-DNA를 관찰한 결과 금속이온이 있는 경우가 대부분이었
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