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peptides 와 mass를 구하시오.
2. 확인된 peptides mass를 DB를 이용하여 peptides mass fingerprint하고 위의
protein을 identify하시오. (뒷장)
단백질: gi|229532
3. 예상되는 peptide 중 MQIFVK의 sequence는 MALDI-TOF로 측정하였을 경우
M/Z score는 ( 944 )가 예상되며, ESI-QTOF로
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같기 때문에 큰 영향은 없었을 것으로 보이지만 elution한 환경이라던가 실험 환경이 차이가 났기 때문에 어느정도의 오차는 발생했을 것으로 생각된다.
10. 참고문헌
-생화학실험(1) 실험교본 chapter 12
- 생화학실험 ppt. Mass spectrometry
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peptide를 회수한다.
7-4) Preparing standard sample
1) Standard solution과 matrix를 1 : 1로 혼합하여 plating한다.
5. 실험결과
1) MALDI-TOF를 이용하여 분석된 질량들
1107.060
1399.302
1439.514
1478.444
1478.444
1501.506
1553.546
1567.480
1724.634
1880.791
1888.781
1907.799
2044.954
2) Profoun
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peptide mass fingerprinting)
De novo sequencing
Mass spectrometry
MALDI(Matrix-assisted laser desorption/ionization)
Matrix 선정 조건
ESI (Electrospray ionization)
ESI VS MALDI
질량 분석관(분석기)
질량분리장치
TQ(Triple Quadrupole)
TOF (Time of Flight)
Ion trap
F
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mass analyser tube가 순차적으로 이어져 있고 collision cell만이 분리되어있다. 서열 분석될 단백질은 맨 처음에 화학적, 물리적으로 잘려진다. 그 fragment들은 처음 analyser tube에서 분리되고 하나의 선택된 peptide ion fragment는 홀로 collision tube에 넣어져
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