Plasmid DNA preparation solution-Alkaline lysis method

소개글

Plasmid DNA preparation solution-Alkaline lysis method에 대한 보고서 자료입니다.

목차

1. Introduction
2. Materials & Methods
3. Result
4. Discussion
5. Note
reference는 각주에...

본문내용

오면 자외선 하에서 확인한다.
『EtBr는 DNA 이중나선에 삽입되어 UV에 노출 시 형광을 나타내는 물질로 이를 통해 DNA의 위치확인 및 정량을 할 수 있다.(DNA와 붙어있을 때와 그렇지 않을 때의 UV에 대한 fluorecence의 life time의 차이가 있기 때문.)』
* 낮은 전압에서 선형으로 된 DNA 조각의 이동속도는 부하되는 전압에 비례한다. 그러나 전기장에서 전류의 흐름이 커짐에 따라 높은 분자량을 가진 DNA 조각의 이동속도는 빨라지게 되므로 전압이 올라감에 따라 agarose gel에서 DNA 분리 효과가 감소된다. 2 kb보다 큰 DNA 조각들의 분리를 최대로 하기 위해서는 agarose gel에 5 V/cm 이상의 전압을 부하시켜서는 안된다.
* 전기영동 tank와 gel은 동일한 전기영동 완충액을 사용해야 한다. 이온강도 또는 pH에 약간의 차이만 있어도 DNA 조각의 이동속도에 크게 영향을 주기 때문이다.
* Gel에 『ethidium bromide(Etbr)』가 함유되어 있으면 전기영동 하는 동안 어느 시기에나 자외선 하에서 관찰이 가능하다. 그러나, gel에 ethidium bromide를 함유시키지 않고 전기영동한 후 gel을 ethidium bromide가 0.5 μg/ml 포함된 용액에 30~45분간 더 염색하였다가 관찰하는 것이 더 선명한 DNA 띠를 관찰할 수 있다는 이유로 후자를 선호하는 실험자들도 있다. 이 때 탈색 과정은 보통 필요치 않으나, 10 ng 이하의 적은 양의 DNA를 검출할 때에는 결합하지 않고, ethidium bromide가 gel에 묻어 있으면 바탕이 흐려 보이므로 증류수나 1mM MgSO4에 담가 실온에서 20분간 탈색하면 DNA를 더 선명하게 관찰할 수 있다.
1) DNA 분자의 크기가 클수록 느리게 이동한다.
2) Agarose의 농도가 높을수록 느리게 이동한다.
3) DNA 형태(구조)에 따라 이동속도가 다르다. 일반적으로 supercoiled DNA가 가장 빨리, 그다음 linear DNA, open circular DNA의 순으로 빠르게 이동한다.
4) 부하되는 전압이 높을수록 이동속도가 빠르다.
5) 전기장의 방향도 이동속도에 영향을 미친다.
6) Ethidium bromide는 DNA 이동속도를 15% 정도 감소시킨다.
7) 전기영동 완충용액의 성분과 이온강도도 전기영동 속도에 영향을 준다.
*DNA loading dye
아가로즈의 well에 DNA를 넣어줄 때 DNA용액을 무겁게 하여 아가로즈의 홈으로 가라앉히는 역할을 하며 그 성분에 전기영동되는 속도가 다른 두개의 염색시약이 들어 있어 DNA와 같이 전기영동 되며 DNA의 전기영동된 정도를 알 수 있게 하는 역할을 한다.
*전기영동 buffer
TAE (Tris acetate EDTA) : DNA 분자량이 큰 경우, agarose electrophorsis에서 쓴다.
TBE (Tris borate EDTA) : DNA 분자량이 작은 경우, DNA sequencing에 쓰인다.

키워드

DNA prep ,   Plasmid DNA preparat ,   Alkaline lysis metho