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행하면 결과가 끊어진 몇 개의 조각들로 출력이 되는데, BLAST 2.0에서는 gap을 도입하여 FASTA 와 같이 insertion 과 deletion을 도입하여 상동성이 있는 조각들을 연결하여 결과를 보여준다.
PSI-BLAST : NCBI에서는 PSI(Position-Specific Iterated)-BLAST를 최근 개
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