[만점레포트] UCSC Genome Browser 사용 절차 및 분석 방법

소개글

[만점레포트] UCSC Genome Browser 사용 절차 및 분석 방법에 대한 보고서 자료입니다.

목차

Ⅰ. Introduction
1) Next Generation Sequencing(NGS)
-정의
-기본원리
-종류 및 과정: ①Illumina sequencing, ②Ion Torrent sequencing, ③Nanopore sequencing
-영향

2) Human genome project
3) UCSC browser
-기능
-장점
-유래
-사용방법
-tract의 종류와 각각의 기능, 사용법
-gene 검색법
-zoom in/out 방법
-configuration 방법
-gene highlighting 방법

4)ENCODE, GTEx
-ENCODE project
-ENCODE tract
-GTEx project
-GTEx tract

5)RB1이란
6) ① GENCODE v32 Track
② GTEx tract의 GTEx Gene V8 tract
③ OMIM tract의 OMIM Genes Track

Ⅱ. Method
-UCSC 사용 방법 및 절차

Ⅲ. Result
-예시에 대한 분석 결과

Ⅳ. Discussion
-분석 결과 해석

본문내용

Ⅰ. Introduction
1) Next Generation Sequencing(NGS)
-정의: 2000년대부터 개발된 sequencing 방법으로, 기존의 Sanger sequencing 방법에 의해 가격이 저렴하고 속도가 빠르며 자동화된 것이 특징이다(Schuster 2008)
-기본원리: chromatin은 nucleus 안에서 매우 강하게 condensation되어있으므로, DNA의 long strand를 작은 fragments로 나눈다(fragmentation). DNA fragments에 adaptor를 붙이고, 이를 high density microarray의 표면에 고정시켜 DNA segments들을 공간적으로 분리한다. DNA segments를 증폭시켜 각각을 cluster로 만든 뒤, cluster를 개별적으로 sequencing한다. 한 cluster는 한 template로부터 유래한 것이므로, 모두 sequence가 같게된다. 이때 DNA의 base가 A=T, G≡C로 complementary하게 binding하는 원리를 이용하여 sequencing한다.
-종류 및 과정
①Illumina sequencing: purified된 DNA sequence를 short fragments로 잘라 fragmentation한다. 잘린 DNA fragment에 adaptor를 붙이고, 이들을 고체판(chip)에 심는다. chip 표면에는 primer가 binding할 수 있는 complementary한 sequence들이 immobilized되어있어, DNA fragments가 고정된다. base(A/T/G/C)에 따라 다른 색의 형광을 붙였으며, 3’ block이 있어 더 이상 elongation이 안되도록 한 dNTP를 처리하면, dNTP가 complementary한 DNA template와 binding한다. 이를 fluorescent microscope를 통해 촬영하면, 각 template가 fluorescent dot으로 보이게 되므로, 각 spot의 색을 보고 해당 nucleotide의 base를 읽는다. chip을 wash하여 dNTP에 붙어있던 형광과 3’block을 떨어뜨린 뒤, 다음 dNTP를 붙이고 동일한 과정을 반복하여 nucleotide를 읽는 것을 계속해서 반복한다. 이러한 방식으로 몇 천 개의 DNA fragments를 동시에 진행하면 각 spot에서의 DNA sequence를 알 수 있고, 각 fragments의 겹치는 부분을 연결해서 조합하면 원하는 DNA sequence을 읽을 수 있다. 이러한 Illumina sequencing 방식은 기존의 방법보다 그 속도가 매우 빠르고 자동화 되어있어, NGS 시장에서 가장 큰 점유율을 차지하고 있다.

키워드

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