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Alignment Search Tool)
-DNA sequence의 conservation
-sequence alignment
-BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)란
-BLAST의 기능
-BLAST의 구성
-BLAST에서 파생된 tools
5) MSA(multiple sequence alignment)
-기능 및 목적
-방법
-결과 및 활용
6) Gene Mutation의 종류
-synonymous s
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Alignment Search Tool 의 약자
- 생물학적 서열 간의 유사성 영역을 찾으며, 뉴클레오타이드 또는 단백질 서열을 서열 데이터베이스와 비교하고 통계적 유의성을 계산할 수 있다. 이를 통해 각 서열의 생물학적 출처를 알 수 있다.
- SEED : 데이터베
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multiple sequence을 alignment(정렬시켜서 분석)한 후, 그 결과를 본 다음에, 비슷한 indibidual sequence을 토대로 GOR method에 의해서 secondary structure을 알아내는 것이다. (75~80% 정확도)
2. Protein tertiary structure prediction
Target sequence을 가져다가 유사한 sequence를
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multiple alignment를 수행한다. Multiple alignment 를 통해 position-specific score matrix를 제작하고 이 matrix를 이용하여 다시 BLAST 검색을 수행한다. 즉 일반 검색과 motif, profile 검색을 동시에 수행하게 되는 것이다. 진화적으로 멀리 떨어져 있는 homolog 서열
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Proteomics 정량
General method(labeling or staining )
Selective method(labeling or staining)
image analysis (2D-gel) → Staining or labeling → detector
differential labeling (by LC) → MS
2D-gel
shape, size, spot의 intensity(density)에 따라 결정됨.
2DGE로 sample을 획득.
labeling 이나 sta
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