aquaporin의 분석과 생화학 분자의 여러가지 구조의 특징

소개글

aquaporin의 분석과 생화학 분자의 여러가지 구조의 특징에 대한 보고서 자료입니다.

목차

1. aquaporin의 3차원 구조를 처음으로 밝힌 연구자의 이름과 논문을 찾으시오(pubmed)

2. aquaporin 단백질은 어느 organisms에서 발견되었는가?(pubmed)

3. aquaporin 단백질의 3차원 구조를 pdb 파일에 찾고 그 3차원 구조의 특징을 설명하시오.(mmdb 나 rasmol 이용)

4. aquaporin의 구조와 대장균의 porin 단백질의 3차원 구조상의 유사점과 차이점을 설명하시오(mmdb 나 rasmol 이용)

5. Z-DNA와 B-DNA의 대표적 구조를 pbd파일에서 가져와서 차이점을 분석해라.(MMDB, rasmol)

6. DNA polymerase의 3차원 구조를 찾아 MMDB나 rasmol 이용해 그 구조적 특징을 설명하고 DNA와 어떻게 반응하는지 추론하라.

본문내용

기능에 따라 많은 물질들을 수송한다는 차이로 인한 것으로 보여진다.
(2) aquaporin (1FQY)와 대장균의 aquaporin (1LDA)
→ 1FQY → 1LDA
↓ 1FQY ↓ 1LDA
① 유사점: 그림에서 보면 역시 중심이 비어 있으며 원통형을 이루는 것을 알 수 있다.
위에서 언급한 바와 같이 porin의 기능적인 면에서의 유사성으로 인한 것이
라 볼 수 있다. 또한 (1)과 달리 두 가지 aquaporin 의 경우 모두 α-helix로
이루어져 있는데 똑같이 물을 수송하는 aquaporin 이기 때문인 듯 하다. 즉,
water channel의 역할을 하려면 α-helix로 이루어지는 것이 더욱 효과적이
지 않을까 하는 추측이 드나 확실히는 알 수 없으며 왜 그런지도 더 알아보
아야 하겠다.
② 차이점: 우선 1FQY의 경우 α-helix가 큰 것이 6개, 작은 것이 3개로 이루어져 있는 데 에 반해 1LDA의 경우엔 큰 것이 7개, 작은 것이 2개로 이루어져 있다. 그리고
짜여져 있는 모양 (크게 차이가 나진 않지만)이나 residue 들이 다른 것으로 보
인다.
5. Z-DNA와 B-DNA의 대표적 구조를 pbd파일에서 가져와서 차이점을 분석해라.(MMDB, rasmol)
[Z-DNA-1XAM]
[B-DNA-1SS7]
⇒ Z-DNA는 α-helix가 꼬여진 방향이 left-handed이고 B-DNA는 α-helix가 꼬여진 방향이 right-handed이다. 방향 외에 모든 Z-DNA와 B-DNA를 보고 관찰한 것이 아니므로 정확히 알 수는 없으나 B-DNA의 모습이 대체로 우리가 알고 있는 DNA의 모습인 데에 비해 Z-DNA는 조금 더 특수한 기능을 갖는 듯 하다. 몇 가지의 Z-DNA를 관찰한 결과 금속이온이 있는 경우가 대부분이었다.
6. DNA polymerase의 3차원 구조를 찾아 MMDB나 rasmol 이용해 그 구조적 특징을 설명하고 DNA와 어떻게 반응하는지 추론하라.
→ 1XSL
→ 1XSL Space Fill형
⇒ 그림을 보면 거의 4개의 Domain으로 이뤄진 것으로 보인다. 그리고 빨간색의 화살표로 표시된 부분이 약간 빈 공간처럼 있는 듯 약간 감싸 안을 수 있는 구조처럼 되어 있는 것 같다. 따라서 이 부분으로 DNA strands에 binding하여 새로운 DNA strands 의 synthesis를 하는 것으로 추측된다. 그러나 정확한 기작은 모르겠다.

키워드

aquaporin,   분자의 구조,   생화학