인터넷 진(gene)뱅크 조사 및 컴퓨터 기반 유전자 분석

목차

1. 실험의 목표

2. 이론적 배경

3. 실험 준비

4. 실험 방법

5. 실험 결과 및 분석

6. Discussion

7. 실험 반성 및 개선방안

본문내용

p of restriction sites + table of sites(sorted alphabetically by enzyme name)
which enzymes to include in the display : all enzymes
the enzymes to be displayed - only enzymes longer than 6bases long
의 조건으로 서열을 분석하려고 하였다. 허나 사이트 사정상 분석이 불가하였다.(옆 그림의 entry를 다 없애보았으나 분석 불가)
▶ Protocol5
NCBI에 접속, blastn을 써서 결과를 내었다.
오른쪽 그림과 같은 도식적인 자료 이외에도 상당히 많은 자료가 나왔다.
▶ Protocol6
번역한 DNA염기서열은 다음 결과와 같았다.
6. Discussion
1) What is GenBank? What is its purpose?
GenBank는 유전자은행으로서 관심사항이나 찾고자 하는 유전자이름을 적고 관심있는 종을 찾아 검색해보면 그 유전자의 정보를 알려준다. 쉽고 빠른 유전자 검색을 위해 만든 것이다.
2) What is Pedro's BioMolecular Tools? NCBI? EBI? What purpose do these sites serve?
Pedro's BioMolecular Tools - 생체분자 검색기, NCBI - 미국 국립 생물 정보 센터, EBI - 유럽 생물 정보 센터로서 말 그대로 생체분자를 검색하고, 그에 대한 정보를 온라인상으로 제공해준다.
3) Why did adding the key term "cDNA" to your search for the sequence of the human growth hormone result in retrieval of fewer documents?
gene library와 cDNA library의 차이점을 정리해보면, gene library는 모든 DNA조각을 갖고 있으나 특정한 조직이나 기관에 관한 유전자만을 모아 놓고자 할 경우엔 cDNA library를 만들고 사용하게 된다. 따라서 “cDNA”를 검색하였을 때 결과가 적게 나온다.
4) How could a search be performed that accesses only the desired sequence?
우리가 바라는 염기서열만을 검색하면 된다. 원하는 염기서열을 Tool bar에 쓰고 그에따른 검색결과를 본다.
5) Was your search successful? Why of Why not?
전체적으로 봤을 때 찾은 결과도 프로토콜과 다른 점이 많아서 찾는데 힘들었지만 찾고 나서는 검색하는 방법을 터득할 수 있었다. 결과만을 보았을 때 그다지 잘 검색되지는 않았다. (책이 써진 기준은 1997년도였다.)
6) Why might you obtain different search results from one time to another?
매번 사이트가 갱신되고 있으므로 새로운 정보를 접하기 때문이라고 본다.
7) Describe, in detail, reasons for generating a restriction enzyme map of a DNA sequence.
DNA 서열을 제한효소 도표로 나타내는 이유로는 DNA 염기서열을 제한효소로 절단하기 때문이다. 다른 식의 표현방식보다 제한효소와 결부하여 설명하는 것이 원칙적으로도, 효율적으로도 좋다.
8) Observe the restriction enzyme map. Did you identify any enzymes that do not cut the sequence or cut only one time?
제한효소의 종류로는 3가지가 있으며 그 설명은 다음과 같다.
① DNA의 특정부위를 인식하긴 하지만 인식된 부위가 아닌 다른 부위를 절단한다. 즉, 원하는 부위를 선택하여 자르기가 어렵다. 따라서 이 효소들은 박테리아의 기능에는 중요하지만 실험목적으로는 잘 사용되지 않는다.
② 인식부위와 절단부위가 모두 특이성이 있는 제한효소이므로 분자생물학 연구에 아주 유용하게 이용되고 있다.
③ 인식한 DNA 부위에서 어느 정도 떨어진 부위를 절단한다. 분자생물학 실험에는 잘 사용되지 않고 있다.
9) How is a BLAST search done, and what is its purpose?
프로토콜을 충실히 따라서 결과는 잘 나왔다. 위에 첨부된 그림을 보면 알 수 있듯이 일단 도식적으로 알기 쉬운 그림이 있었고 그 밑으로는 여러 가지 세부사항이 나열되었다. 제한효소나 여러 가지 것들이 링크되어 설명과 연결되어있었다.
10) Observe the results of your BLAST search. Can you identify your sequence?
생물학적인 지식이 없거나 재능이 없는지 혼자서 identify 할 수 없었다.
11) What information is gained by translating a DNA sequence into its amino acid sequence?
단백질의 나열된 구조를 알 수 있다. 아미노산이 어떻게 결합하였는지, 어떻게 나누어져있는지 알 수 있다.
12) Observe the results of the translation analysis. Can you identify the correct reading frame? Can you identify an initiation Met?
correct reading frame과 initiation Met를 알아보기 쉬웠다. 위 그림을 보면 쉽게 파악할 수 있다.
7. 실험 반성 및 개선 방안
컴퓨터를 이용해서 실험을 한다는 사실이 놀라울 따름이다. 여러 가지 자료를 인터넷을 통해서 얻을 수 있다는 사실에 새삼 신기하면서도 자료가 너무 방대해 찾아가는데 어려움이 있었다. 자료를 찾는데 있어 정보 검색력도 필요하겠구나 하는 생각이 들었다. 또한 책이 너무 옛날에 나온 것이 아쉽다. 프로토콜이 요즘 웹 사이트를 기준으로 바뀌어야 할 필요성을 느꼈다. 그리고 사이트가 원활하지 않음을 느꼈는데 이 사항은 시정해야 할 것이라 생각된다.

키워드

유전자,   gene,   조사,   NCBI,   EBI