[생화학 실험보고서]Peptide Mass Fingerprinting

본문내용

spectrum를 생산하는 것이다. 현재 프로테오믹스 연구에 사용 되는 기본적인 mass 분석 타입은 4가지가 있다. Ion trap, Time-of-flight, quadrupole, 그리고 Fourier transform ion cyclotron(FT-MS)분석기들이다. 몇몇의 경우에서 이 분석기는 각각의 이점을 살리기 위해서 독립적으로 사용하거나 나란히 구성할 수 있다.
3. 시약 및 기자재
6-1) 실험재료
α-cyano-4-hydroxycinnamic acid, Deinonized water, Acetonitrile (ACN), 0.1 % trifluoroacetic acid (TFA) in deionized water, acetone, Matrix solution, 50 % acetonitrile (500㎕) + 0.1 % TFA(1 ㎕) buffer + DW 499 ㎕, Desalt solution, buffer A - 100 % ACN, B - 50 % ACN, C - 0 % ACN(D.W. 100%)
6-2) 실험도구
Analytical balance, 1.5 ml microcentrifuge tubes, Microcentrifuge, Micropipettor and disposable tips, Vortex mixer, sonicator, zip-tip, sample plates
6-3) Biological sample
Peptides prepared on a in-gel digestion
4. 실험방법
7-1) Preparing Matrix (10 mg/ml의 CHCA)
1) 1.5 ml 튜브에 사용할 매트릭스의 이름, 날짜, 농도를 적는다.
2) 10 mg의 CHCA를 잰후 튜브로 옮겨 담는다.
3) 499 ml의 탈이온화된 물을 넣고 500 ml의 ACN을 첨가한 후 100% TFA를 1㎕를 넣어 0.1 % TFA가 되게 한다.
4) 뚜껑을 닫고 1분정도 부드럽게 vortexing한다. vortexer가 없을 경우 부드럽게 손으로 흔들어준다.
5) 2,000 rpm ~ 5,000 rpm에서 30초가 원심분리하여 불순물을 침전시킨다. matrix를 만들 때는 상등액만을 사 용한다.
7-2) Cleaning sample plate
1) 유기용매(100 % ACN)를 사용하여 샘플플레이트를 행구어 준다.
2) 티슈를 사용하여 먼지가 묻지 않도록 닦아준다.
3) 탈이온화된 물로 헹구어준다.
4) 샘플 플레이트에 매트릭스나 손자국이나 오일이 남아 있는지 확인한다. 만일 남아 있다면 RBS 35세제를 5~10분정도 사용하여 닦아준다.
5) 아직도 이물질이 남아 있다면 먼지가 생기지 않는 휴지나 면으로 샘플 플레이트를 닦아준다. 칫솔을 사용하여 닦아주어도 된다.
6) 탈이온화된 물로 헹구어준다.
7) 빠르게 말리기 위해 샘플 플레이트를 ACN으로 헹구어준다.
8) 샘플 플레이트가 오염이 되지 않을 만한 곳을 골라 말려준다.
7-3) Preparing sample
(A : 100 % ACN, B : 50 % ACN (0.1 % TFA), C ; 0.1 % TFA water)
1) 10 ㎕ solution A로 C18 ziptip을 2~3회 pipetting한다.
2) 10 ㎕ solution B로 C18 ziptip을 2~3회 pipetting한다.
3) 샘플을 C18 ziptip을 천천히 10회 pipetting한다.
4) 10 ㎕ solution C로 C18 ziptip을 2~3회 pipetting한다.
5) 10 ㎕ solution B로 C18 ziptip을 천천히 2~3회 pipetting하여 peptide를 회수한다.
7-4) Preparing standard sample
1) Standard solution과 matrix를 1 : 1로 혼합하여 plating한다.
5. 실험결과
1) MALDI-TOF를 이용하여 분석된 질량들
1107.060
1399.302
1439.514
1478.444
1478.444
1501.506
1553.546
1567.480
1724.634
1880.791
1888.781
1907.799
2044.954
2) Profound를 통한 results
6. 참고문헌
1) 생화학실험(1) 실험교본, 교육부의생명특성화사업단.
2) Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer. 2007, Biochemistry, sixth ed.
3)　http://bric.postech.ac.kr/

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생화학,   생화학 실습,   생화학 실험,   생물학 실험,   mass fingerprinting